蛋白质交互网络模块化的数据分析.pdf

Computer Engineering and Applications t计算机工程与应用
2010,46(33)
4.
蛋白质交互网络模块化的数据分析
刁洪祥,肖健3,陈义明
DIAO Hong-xiang", XIAO Jian, CHEN Yi-ming
1.湖南农业大学信息科学技术学院,长沙410128
2.国防科学技术大学计算机学院,长沙410073
3.湖南衣业大学图书馆,长沙410128
1. Information Science and Technology Institute, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China
2. School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China
3. Library of Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China
E-mail:dhxpapcr@:163.com
DIAO Hong-xiang, XIAO Jian, CHEN Yi-ming. Data analysis of protein interaction network modularization. Computer
Engineering and Applications, 2010, 46(33): 43-45.
Abstract: Modularization of biological network is a basic premise of biological systems robustness. First of all, this paper im
proves the classic method of spectrum based on the analysis of existing algorithms, and brings forward a strategy to en
hance resolution of the modular approach. This paper uses different sources of protein network analysis to calculate property
of network modularization, and finds the extent of the modularization is influenced by data source, despite these protein net-
works show a high degree of modularization. This paper also finds that the gene tends to be in the same module after the
genome-wide copy, which shows that gene copy doesn t produce large differences in particular. When a gene copy is deleted
another gene copy should do the compensation function in the module
Key words: protein interaction network; modularization; method of spectrum
摘要:生物网络的模块化是生物系鲁棒性的一个基本前提。首先根据已有的算法分析政进了经典的谱方法,提出了一个提
高模块化方法分辨率的策略。采用不同来源的蛋白质网络来计算地分析网络的模块化属性,发现尽管这些蛋白质网络都展现了
較高的模块化程度,但模块化的程度受到数据来源的影响。同时还发现基因在全基因组复制以后,会倾向于在同一个模块中出
现,这说明复制基因功能不会产生特别大的差异,使得当除一个复制基因时,模块内的另一个复制基因会有功能的补偿
关键词:蛋白质交互网络;模块化;谱方法
DOI:10.37786jis.1002-8331.2010.33012文章编号:1002-8331(2010)33-0043-03文献标识码:A中图分类号:TP274
验有着重要的区别,酵母双杂交实验产生的数据是二进制交
蛋白质交互网络的研究是后基因组时代功能基因组学的互网( binary interaction),来自于转录因子对受体基因表达的
个研究重点。蛋白质交互网络系统的分析细胞内全部蛋激活;而亲和层析质谱的方法识别了和同一-标记诱佴(bait)
白质的存在及其活动方式,不仅有助于人们阐明基本的细胞蛋自交互作用的蛋白质,产生的是共复合体交互网。因此调
活动规律,也是攻克人类疾病的一个重要方面啊。目前一些査和交互网络的结构与功能相关的问题,有必要理解当前可
生物实验,例如酵母双杂交和亲和层析质谱,产生了大量用的蛋白交互网的大小和质量问题,包括系统的评价二进制
的实验数据。在蛋白质交互网络拓扑性质分析方面,最近儿交互网络和共复合体交互网络是否对交互网络的全局和局部
年取得了很多科研成果。 Jeong发现蛋白交互网络中节点连拓扑属性有着重要的影响。Yu等对这两种数据网络进行了
接度和基因关键性( Essentiality))之间的相关性:Y等发现了比较,发现它们具有完全不一致的拓扑结构,困此从不同网
蛋白交互网络的节点介数和基因关键性的关系;Ham等人结络得到的结论也有所不同。在两个不同数据的网络中,date
合基因表达数据分析了蛋白交互网络的模块组织结构
hub利 party hub的数量有着显著性的差异;在二进制网络
但是,在研究蛋白交互网络拓扑性质的时候,最常用的两中,节点度和蛋白多效性具有较顗的相关性,但是在共复合体
种数据来源一酵母双杂交和亲和层析质谱这两种生物实交互网中这种相关性不再存在。
基金项:湖南衣业大学人才引进基金(No.62030106015
作者简介:习洪祥(1978-),博土生,讲师,主要研究方向:信息检索、生物信息等。
收稿日期:2009-04-28修回口期:2009-06-15